幕府末期的日本，受到外国列强瓜分的严重威胁，由一群昏庸无能的武士统治下的国家支离破碎，民不聊生，到处兵荒马乱。
　　
　　某日，在一个偏僻的村庄，一群强盗正在肆意抢夺，滥杀无辜。绯村剑心，原名绯村心太，当时只有5，6岁，但已经父母双亡，当时他正在一群被拐卖者的队伍中，同行者中还有几位命运和他一样悲惨的姐姐，心太曾说过会尽全力保护她们，但是，弱小的当时能做到的只是眼睁睁的看着几个姐姐被残酷杀害，反而是她们临死前哀求强盗放过心太，这残酷的一幕在心太的心中留下难以抹平的伤痕。心太眼看也难逃一劫，忽然一道冰冷的剑光闪过，刹那间数命强盗已成剑下亡魂，心太面前出现一位衣着飘逸，威风凛凛的年轻剑客--飞天御剑流第15代传人比古清十郎。第二天，当比古清十郎准备埋葬村民们的尸骨时，在坟墓里又遇见了昨天那个小孩，他正在掩埋亲人的遗骸，面上并无泪水，只是坚强地说了一句话：“我要以剑救人”。比古清十郎将美酒浇在坟墓上，也只对心太说了一句：“你跟我走吧，心太这个名字太软弱，以后你就叫剑心吧！”

　　就这样，剑心跟随这位世外高人苦学剑术，5年后，剑术已达登峰造极之境。

　　但他与师傅对以剑救世，以剑救人的信念的分歧日益明显。师傅认为虽然自己身怀绝学，竟连身边的弱者都保护不了，只能亲手将他们埋葬，他认为凭个人力量不能挽救些什么，他对这个乱世已失去信心，想隐居不再过问世事。他知道剑心投身于乱世只会成为政客和野心家的杀人工具。而剑心作为热血少年，一心要以剑保卫弱者，铲除恶人，结束乱世。为正义而挥剑杀人是他当时的理想。两人常在争吵声中度日，比古清十郎也想考验一下剑心，因此并没有将飞天御剑流的最终奥义--天翔龙闪传授给他，（10年后还是教给他了）终于，剑心不辞而别，踏上了维新的崭新人生旅途。